利用人数は店舗ごとにカウントされますか

はい、店舗ごとのカウントとなります。
１つのAirIDで複数の店舗を管理されている場合、店舗ごとにスタッフがカウントされ、それに応じた利用料金が発生します。

AirIDと店舗の関係について、詳細はこちらをご確認ください。

尚、店舗はヘッダーで切り替えることができます。（下記イメージを参照してください）